Биокурация

Материал из Циклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Наука
Биокрурация
(англ. biocuration)
Предмет изучения

Биологические данные, информация и знания, которые преобразуются в электронные таблицы и графики.

Период зарождения

2006 год

 Просмотреть·Обсудить·Изменить

Биокурация (англ. biocuration) — область наук о жизни.

Организует биологические данные, информацию и знания в структурированные форматы, такие как электронные таблицы и графики[1][2]. Систематизация биомедицинских знаний — совместная работа биокураторов, разработчиков программного обеспечения и биоинформатиков и лежит в основе работы биологических баз данных[1].

Новая профессия[править]

Статьи о биокурации на PubMed, вышедшие с момента первой публикации в 2006 году до 2022 года.

Биокуратор — учёный, который курирует, собирает, аннотирует и проверяет информацию в базах данных[3][4].

Эта профессия впервые была упомянута в научной литературе в 2006 году[5][6]. Биокураторы обычно имеют докторскую степень, опыт работы в лабораториях и владеют необходимыми компьютерными программами[7].

Роль биокуратора включает контроль качества первичных данных биологических исследований, предназначенных для публикации, извлечение и систематизацию информации из научной литературы, а также описание данных с помощью стандартных протоколов аннотаций и словарей, которые обеспечивают запросы и совместимость биологических баз данных. Биокураторы находятся в постоянном контакте с исследователями, чтобы гарантировать точность информации и способствовать обмену данными с исследовательскими лабораториями[6].

Биокураторы нужны в различных исследовательских сферах. Такие проекты как ELIXIR (Европейская инфраструктура наук о жизни для биологической информации) и GOBLET (Глобальная организация по биоинформатическому обучению, образованию и обучению)[8] продвигают обучение и поддерживают биокурирование как карьерный путь[9].

В 2011 году биокурирование уже было признано профессией, но официальных курсов по целевой подготовке кураторов для работы с биологическими данными ещё не существовало[10]. С развитием этой области Кембриджский университет и Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI) начали совместно предлагать сертификат последипломного образования по биокурированию[11]. Это стало шагом к признанию биокурации как отдельной дисциплины[12]. С 2011 года профессия стала востребована, в связи с чем появилось обучение биокурированию в рамках последипломных программ[13].

Организации, нанимающие биокураторов, такие как Clinical Genome Resource (ClinGen), часто предоставляют специализированные материалы и проводят обучение биокурированию[14].

Биологические базы знаний[править]

Биокураторы чаще всего работают в области биологических баз знаний. Такие базы данных, как UniProt[15] и PDB [16] для организации информации привлекают профессиональных биокураторов. Также биокураторы работают над улучшением качества данных, например, путём объединения повторяющихся записей[17].

Важная часть этих баз знаний — информация о модельных организмах. Примеры таких баз данных — FlyBase[18],  PomBase[19]  и ZFIN[20]. Они предназначены для хранения информации, например, о дрозофиле фруктовой (Drosophila), дрожжах (Schizosaccharomyces pombe) и рыбах данио-рерио (zebrafish).

Международное общество биокурации (ISB)[править]

 → Международное общество биокурации

Международное общество биокурации (ISB) — некоммерческая организация, продвигающая область биокурации и предоставляющая форум для обмена информацией на встречах и семинарах. Организация была основана в начале 2009 года[4].

ISB поощряет представителей профессии финансово. Например, ежегодно присуждает премию за карьеру в области биокурации, а раз в два года — премию ISB за выдающийся вклад в биокурацию.

Официальный журнал ISB — Database, который публикует статьи о базах данных и направлении биокурации[21].

См. также[править]

Примечания[править]

  1. ↑ 1,0 1,1 What is biocuration? | International Society for Biocuration. www.biocuration.org. Проверено 7 мая 2024.
  2. ↑ (September 2008) «Big data: The future of biocuration». Nature 455 (7209): 47–50. DOI:10.1038/455047a. PMID 18769432. Bibcode: 2008Natur.455...47H.
  3. ↑ (2012-03-20) «Biocurators and biocuration: surveying the 21st century challenges». Database 2012: bar059. DOI:10.1093/database/bar059. PMID 22434828.
  4. ↑ 4,0 4,1 (April 2010) «Curators of the world unite: the International Society of Biocuration». Bioinformatics 26 (8): 991. DOI:10.1093/bioinformatics/btq101. PMID 20305270.
  5. ↑ (October 2006) «Biocurators: contributors to the world of science». PLOS Computational Biology 2 (10): e142. DOI:10.1371/journal.pcbi.0020142. PMID 17411327. Bibcode: 2006PLSCB...2..142B.
  6. ↑ 6,0 6,1 (October 2006) «The biocurator: connecting and enhancing scientific data». PLOS Computational Biology 2 (10): e125. DOI:10.1371/journal.pcbi.0020125. PMID 17069454. Bibcode: 2006PLSCB...2..125S.
  7. ↑ Biocuration, International Society for (2018-04-16). «Biocuration: Distilling data into knowledge.» (English). PLOS Biology 16 (4): e2002846. DOI:10.1371/JOURNAL.PBIO.2002846. PMID 29659566.
  8. ↑ GOBLET | The Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education & Training (en-US). Проверено 7 мая 2024.
  9. ↑ EMBL-EBI Biocuration | EMBL-EBI Training англ.. www.ebi.ac.uk. Проверено 7 мая 2024.
  10. ↑ Sanderson, Katharine (February 2011). «Bioinformatics: Curation generation» (en). Nature 470 (7333): 295–296. DOI:10.1038/nj7333-295a. ISSN 1476-4687. PMID 21348148.
  11. ↑ Anonymous Postgraduate Certificate in Biocuration англ.. www.ice.cam.ac.uk (2019-10-30). Проверено 7 апреля 2024.
  12. ↑ (May 2019) «Ten quick tips for biocuration». PLOS Computational Biology 15 (5): e1006906. DOI:10.1371/journal.pcbi.1006906. PMID 31048830. Bibcode: 2019PLSCB..15E6906T.
  13. ↑ (2018-01-01) «AgBioData consortium recommendations for sustainable genomics and genetics databases for agriculture» (English). Database 2018: 1–32. DOI:10.1093/DATABASE/BAY088. PMID 30239679.
  14. ↑ Biocurator - ClinGen | Clinical Genome Resource. www.clinicalgenome.org. Проверено 7 мая 2024.
  15. ↑ (2016-11-29) «UniProt: the universal protein knowledgebase». Nucleic Acids Research 45 (D1): D158–D169. DOI:10.1093/nar/gkw1099. ISSN 0305-1048. PMID 27899622.
  16. ↑ (2000-01-01) «The Protein Data Bank» (English). Nucleic Acids Research 28 (1): 235–242. DOI:10.1093/NAR/28.1.235. PMID 10592235.
  17. ↑ (2020-07-08) «Quality Matters: Biocuration Experts on the Impact of Duplication and Other Data Quality Issues in Biological Databases» (English). Genomics Proteomics and Bioinformatics 18 (2): 91–103. DOI:10.1016/J.GPB.2018.11.006. PMID 32652120.
  18. ↑ (1998-01-01) «FlyBase: a Drosophila database. Flybase Consortium». Nucleic Acids Research 26 (1): 85–88. DOI:10.1093/nar/26.1.85. ISSN 1362-4962. PMID 9399806.
  19. ↑ (2018-10-13) «PomBase 2018: user-driven reimplementation of the fission yeast database provides rapid and intuitive access to diverse, interconnected information». Nucleic Acids Research 47 (D1): D821–D827. DOI:10.1093/nar/gky961. ISSN 0305-1048. PMID 30321395.
  20. ↑ (2019-01-01) «The Zebrafish Information Network: new support for non-coding genes, richer Gene Ontology annotations and the Alliance of Genome Resources» (English). Nucleic Acids Research 47 (D1): D867–D873. DOI:10.1093/NAR/GKY1090. PMID 30407545.
  21. ↑ (2010-01-05) «DATABASE: A new forum for biological databases and curation». Database 2009: bap002. DOI:10.1093/database/bap002. ISSN 1758-0463. PMID 20157475.

Ссылки[править]

Рувики

Одним из источников, использованных при создании данной статьи, является статья из википроекта «Рувики» («ruwiki.ru») под названием «Биокурация», расположенная по адресу:

—«https://ru.ruwiki.ru/wiki/Биокурация»

Материал указанной статьи полностью или частично использован в Циклопедии по лицензии CC-BY-SA 4.0 и более поздних версий.

Всем участникам Рувики предлагается прочитать материал «Почему Циклопедия?».

Источник — http://cyclowiki.org/w/index.php?title=Биокурация&oldid=2260443