NanoString Technologies
NanoString Technologies
- Основание
- 2003
- Основатели
- Крассен Димитров, Амбер Ретклифф, Двейн Данауэй
- Расположение
- США, Сиэтл
- Отрасль
- Биотехнологии
- Продукция
- nCounter® Analysis System
- Сайт
- nanostring.com
NanoString Technologies — компания, специализирующаяся на разработке и производстве оборудования, реактивов и программного обеспечения, позволяющего проводить анализ нуклеиновых кислот методом молекулярных штрих-кодов. Продукция Nanostring Technologies предназначена как для научных исследований, так и для использования в клинической диагностике. Основные задачи, которые можно решить с помощью оборудования и реактивов NanoSrtring: анализ экспрессии мРНК, lncRNA и микроРНК, анализ вариабельности числа копий генов, выявление хромосомных транслокаций.
Продукция[править]
Продукция компании NanoString для молекулярно-биологических исследований
- Комплект оборудования nCounter. В комплект входят два прибора. Станция пробоподготовки PrepStation обеспечивает предварительную обработку образца к анализу. После этого можно провести считывание результата на приборе DigitalAnalyzer. Прибор сканирует образец, считывая флуоресценцию молекулярных штрих-кодов. Считанное изображение обрабатывается с формированием файла отчёта в виде таблицы.
- Наборы реагентов. Компания NanoString производит все необходимые для работы в системе nCounter реактивы. Наборы молекулярных штрих-кодов производятся в соответствии с запросом заказчика.
Технология[править]
Материалом для работы является выделенная нуклеиновая кислота. В целом, процесс обработки материала можно разделить на следующие этапы:
- Гибридизация.На этом этапе образец инкубируется со смесью зондов. Каждой мишени соответствует пара зондов. Один из них соединён с флуоресцентным штрих-кодом, а второй — с молекулой биотина.
- Удаление несвязавшихся зондов. Этот этап проводится с автоматизированном режиме, с помощью магнитных частиц. Удаление необходимо во избежание получения артефактов.
- Закрепление и ориентировка молекулярных комплексов. Оставшиеся после удаления несвязавшихся зондов молекулярные комплексы включают 3 молекулы: целевую молекулу, биотинилированный зонд и зонд, связанный со штрих-кодом. Смесь таких комплексов поступает в микрофлюидный канал, накрытый покровным стеклом, покрытым стрептавидином. За счёт взаимодействия стрептавидина с биотином происходит связывание молекулярных комплексов. После этого в лунки, соединённые с микрофлюидным каналом, заполненным буфером ТАЕ погружаются электроды, под действием электрического поля молекулярные комплексы, закреплённые одним концом на стекле, располагаются параллельно его линиям.
- Считывание результата. Считывание происходит в автоматизированном режиме. Сканер Digital Analyser производит съёмку программируемого числа участков препарата. Каждый участок снимается четыре раза, для получения изображений эмиссии штрих-кода с длиной волны 480, 545, 580 и 622 нм. При последующей цифровой обработке происходит комбинирование изображений и идентификация штрих-кодов.[1]
Методика исключает применение ПЦР и минимизирует применение других ферментативных реакций, благодаря чему является менее чувствительной к качеству образца. Для анализа мРНК нет необходимости проводить какие-либо энзиматические реакции. Точность результата, полученного с помощью системы nCounter не уступает точности ПЦР в реальном времени с использованием гидролизных зондов (TaqMan).[2] При анализе микроРНК необходимо провести предварительное лигирование микроРНК с адаптерами, поскольку детектируемая мишень должна быть не менее 100 нуклеотидов, в то время как размер микроРНК составляет порядка 22 нуклеотидов. В случае анализа микроРНК качество результата исследования также было сопоставимо с качеством результатов ПЦР.[3]
Молекулярные штрих-коды[править]
Основа метода, внедрённого NanoString — флуоресцентно-меченные комплексы нуклеиновых кислот, называемые молекулярными флуоресцентными штрих-кодами. Штрих-код включает 7 флуоресцентных пятен одного из четырёх возможных цветов. Меченый флуоресцентным штрих-кодом зонд, называемый также репортерным, включает в 3' области регион, специфический к мишени, а так же репортерную часть, представляющую собой цепь ДНК, ковалентно связанную с флуоресцентно меченными фрагментами РНК. Эта фрагменты образуют цветовые пятна, выстроенные в цепочку благодаря линейному расположению на каркасе из ДНК[4][5]
См. также[править]
Источники[править]
- ↑ (2008) «Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs». Nature Biotechnology 26 (3): 317–25. DOI:10.1038/nbt1385. PMID 18278033.
- ↑ (2009) «Multiplexed measurements of gene signatures in different analytes using the Nanostring nCounter™ Assay System». BMC Research Notes 2: 80. DOI:10.1186/1756-0500-2-80. PMID 19426535.
- ↑ (2012) «Expression profiling of cancerous and normal breast tissues identifies microRNAs that are differentially expressed in serum from patients with (metastatic) breast cancer and healthy volunteers» 1. DOI:10.1186/bcr3127. PMID 22353773.
- ↑ (2008) «Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs». Nature Biotechnology 26 (3): 317–25. DOI:10.1038/nbt1385. PMID 18278033.
- ↑ United States Patent: 8519115 (2010-02-25).