Амос Байрох

Материал из Циклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
← другие однофамильцы Байрох

Амос Байрох

Научный деятель
SIB Bairoch.jpg


Дата рождения
22 ноября 1957 года
Место рождения
Кламар, Швейцария





Место работы
Женевский университет


Образование
Женевский университет (1983)


Награды и премии
почётный член Международного общества вычислительной билологии (2014)
Otto Naegeli Prize (2010)
Европейская премия Лациса (2004)
Премия за исключительный вклад в области биокурации (2021)



Амос Байрох (фр. Amos Bairoch; род. 22 ноября 1957 года)[1] — швейцарский биоинформатик[2][3][4].

Профессор биоинформатики на кафедре микробиологии и молекулярной медицины Женевского университета, где возглавляет группу CALIPHO[5] Швейцарского института биоинформатики (Swiss Institute of Bioinformatics — SIB).

В своей работе использует сочетание биоинформатики и экспериментальных методик для расширения знаний о функции генов, кодирующих белки, в геноме человека[6][7].

Отец — историк экономики Пауль Байрох.

Образование[править]

Амос Байрох получил образование в Женевском университете[8]:

  • 1981 год — степень бакалавра биохимии;
  • 1981 год — степень бакалавра химии;
  • 1983 год — диплом магистра биохимии;
  • В 1990 году защитил докторскую диссертацию.

Его первым проектом в аспирантуре была разработка PC/ Gene[9], программного пакета на основе MS-DOS для анализа последовательностей белков и нуклеотидов. Этот проект был куплен сначала швейцарской компанией Genofit, затем Intelligenetics из США и Oxford Molecular из Великобритании.

Карьера[править]

С 1982 по 1987 год — ассистент на кафедре медицинской биохимии в Женевском университете[8].

С 1987 по 1989 год — старший ассистент на кафедре медицинской биохимии.

С 1989 по 1994 — научный сотрудник, отвечал за разработку биокомпьютеров для медицинского факультета.

С 1995 года — доцент кафедры медицинской биохимии.

С 1998 года — один из основателей и руководитель группы Швейцарского института биоинформатики (Swiss Institute of Bioinformatics — SIB).

С 2001 года — адъюнкт-профессор биоинформатики на кафедре медицинской биохимии.

Исследования[править]

Его основная работа связана с анализом последовательности белков и, в частности, с разработкой баз данных и программных средств для этой цели[10]. Его вклад — тщательное ручное аннотирование данных, связанных с белками[11].

Во время работы над PC/ Gene он начал разрабатывать базу данных аннотированных последовательностей белков, которая получила название SwissProt и была впервые представлена в июле 1986 года[12]. С 1988 года это был совместный проект с группой библиотек данных Европейской лаборатории молекулярной биологии, которая позже преобразовалась в Европейский институт биоинформатики (EBI).

База данных Swiss-Prot — основной источник информации о последовательности белков в мире и ключевой исследовательский инструмент для биоинформатиков[13]. Swiss-Prot наряду с американским информационным ресурсом по белкам (American Protein Information Resource — PIR) входит в самый полный в мире каталог информации о последовательностях и функциях белков — UniProt[14].

В 1988 году Байрох начал разрабатывать PROSITE[15], базу данных семейств и доменов белков. Некоторое время спустя он создал ENZYME[16][17][18][19][20], номенклатурную базу данных ферментов, а также SeqAnalRef, библиографическую справочную базу данных для анализа последовательностей[21][22].

В сотрудничестве с Роном Аппелем в августе 1993 года он инициировал создание первого сервера по молекулярной биологии — ExPASy[23].

В 1998 году вместе с коллегами из Женевского и Лозаннского университетов он был одним из основателей Швейцарского института биоинформатики SIB, который занимается исследованиями в области биоинформатики, разработками баз данных и инструментов для работы с ними[24].

В ноябре 1997 года вместе с Роном Аппелем и Денисом Хохштрассером он основал GeneBio (Geneva Bioinformatics SA), компанию, занимающуюся биологическими знаниями. Затем к ним присоединились Кит Роуз и Робин Офорд, и в апреле 2000 года они основали GeneProt (Geneva Proteomics), компанию по производству высокопроизводительной протеомики. Компания прекратила свою деятельность в 2005 году[25].

С 2009 года Амос Байрох в рамках CALIPHO group участвует в разработке neXtProt ресурса, цель которого — предоставить биологам широкий спектр знаний обо всех белках человека[26][27][28]. Он также участвует в разработке информационного ресурса Cellosaurus, посвящённого клеточным линиям.

По данным Google Scholar[10] и Scopus[10], по состоянию на 2015 год наиболее цитируемые рецензируемые статьи Амоса Байроха в научных журналах были опубликованы в Nucleic Acids Research[29][30][31][32][33], the Biochemical Journal[34][35], Nature[36], Briefings in Bioinformatics[37] и Database[38].

Награды и почётные звания[править]

1993 год — лауреат премии Фридриха Мишера Швейцарского общества биохимиков

1995 год — поощрительная премия Фонда Хельмута Хортена

2004 год — премия Пера Эдмана

2004 год — Европейская премия Лациса

2010 год — премия Отто Негели

2011 год — премия HUPO за выдающиеся достижения в области протеомных наук[39]

2013 года — EUPA премия пионера протеомики

2018 год — премия ABRF

2021 — премия за исключительный вклад в области биокурации от Международного общества биокурации.


Источники[править]

  1. ↑ Frederique Lisacek Dr., Lydie Lane Dr. Proteomics Pioneer Award 2013: Professor Amos Bairoch, University of Geneva, Switzerland англ.. EuPA Open Proteomics. Проверено 23 февраля 2024.
  2. ↑ Amos Bairoch's home page. ExPASy. Архивировано из первоисточника 14 февраля 2014.
  3. ↑ Bairoch, Amos рус.. Scopus Preview. Проверено 23 апреля 2024.
  4. ↑ Amos Bairoch рус.. https://europepmc.org/.+Проверено 23 апреля 2024.
  5. ↑ CALIPHO (Computer Analysis and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin) group page on the SIB website. Архивировано из первоисточника 20 апреля 2013.
  6. ↑ SIB's Bairoch to Step Down as Swiss-Prot Director to Launch New Human Protein Resource. GenomeWeb.com. Архивировано из первоисточника 20 февраля 2012.
  7. ↑ CALIPHO англ.. SIB Swiss Institute of Bioinformatics. Проверено 23 апреля 2024.
  8. ↑ 8,0 8,1 Curriculum vitae - Amos Bairoch англ.. Проверено 23 апреля 2024.
  9. ↑ (1988) «Using PC/GENE for protein and nucleic acid analysis». BioTechniques 6 (6): 566–572. PMID 3273189.
  10. ↑ 10,0 10,1 10,2 Amos Bairoch, indexed publications рус.. Google Scholar. Проверено 23 апреля 2024.
  11. ↑ (2009) «HAMAP: A database of completely sequenced microbial proteome sets and manually curated microbial protein families in UniProtKB/Swiss-Prot». Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D471–D478. DOI:10.1093/nar/gkn661. PMID 18849571.
  12. ↑ (2000) «Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times!». Bioinformatics 16 (1): 48–64. DOI:10.1093/bioinformatics/16.1.48. PMID 10812477. – a historical account by Bairoch.
  13. ↑ (2000) «Bioinformatics in protein analysis». EXS 88: 215–231. DOI:10.1007/978-3-0348-8458-7_14. PMID 10803381.
  14. ↑ (2006) «The Universal Protein Resource (UniProt): An expanding universe of protein information». Nucleic Acids Research 34 (90001): D187–D191. DOI:10.1093/nar/gkj161. PMID 16381842.
  15. ↑ (1999) «The PROSITE database, its status in 1999». Nucleic Acids Research 27 (1): 215–219. DOI:10.1093/nar/27.1.215. PMID 9847184.
  16. ↑ (2000) «The ENZYME database in 2000». Nucleic Acids Research 28 (1): 304–5. DOI:10.1093/nar/28.1.304. PMID 10592255.
  17. ↑ (1999) «The ENZYME data bank in 1999». Nucleic Acids Research 27 (1): 310–1. DOI:10.1093/nar/27.1.310. PMID 9847212.
  18. ↑ (1996) «The ENZYME data bank in 1995». Nucleic Acids Research 24 (1): 221–2. DOI:10.1093/nar/24.1.221. PMID 8594586.
  19. ↑ (1994) «The ENZYME data bank». Nucleic Acids Research 22 (17): 3626–7. DOI:10.1093/nar/22.17.3626. PMID 7937072.
  20. ↑ (1993) «The ENZYME data bank». Nucleic Acids Research 21 (13): 3155–6. DOI:10.1093/nar/21.13.3155. PMID 8332535.
  21. ↑ (1991) «PROSITE: A dictionary of sites and patterns in proteins». Nucleic Acids Research 19 Suppl (Suppl): 2241–2245. DOI:10.1093/nar/19.suppl.2241. PMID 2041810.
  22. ↑ (2007) «The 20 years of PROSITE». Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D245–D249. DOI:10.1093/nar/gkm977. PMID 18003654.
  23. ↑ (1994) «A new generation of information retrieval tools for biologists: The example of the ExPASy WWW server». Trends in Biochemical Sciences 19 (6): 258–260. DOI:10.1016/0968-0004(94)90153-8. PMID 8073505.
  24. ↑ (2008) «The World-2DPAGE Constellation to promote and publish gel-based proteomics data through the ExPASy server». Journal of Proteomics 71 (2): 245–248. DOI:10.1016/j.jprot.2008.02.005. PMID 18617148.
  25. ↑ With No New Deals, GeneProt to Close Its Doors. GenomeWeb.com (June 2005). Архивировано из первоисточника 11 февраля 2011.
  26. ↑ (2015) «The neXtProt' knowledgebase on human proteins: Current status». Nucleic Acids Research 43 (Database issue): D764-70. DOI:10.1093/nar/gku1178. PMID 25593349.
  27. ↑ (2012) «Ne Xt Prot: A knowledge platform for human proteins». Nucleic Acids Research 40 (Database issue): D76-83. DOI:10.1093/nar/gkr1179. PMID 22139911.
  28. ↑ (2013) «Ne Xt Prot: Organizing protein knowledge in the context of human proteome projects». Journal of Proteome Research 12 (1): 293–8. DOI:10.1021/pr300830v. PMID 23205526.
  29. ↑ (2004) «The Universal Protein Resource (UniProt)». Nucleic Acids Research 33 (Database issue): D154–D159. DOI:10.1093/nar/gki070. PMID 15608167.
  30. ↑ (2003) «The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003». Nucleic Acids Research 31 (1): 365–370. DOI:10.1093/nar/gkg095. PMID 12520024.
  31. ↑ (2001) «The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites». Nucleic Acids Research 29 (1): 37–40. DOI:10.1093/nar/29.1.37. PMID 11125043.
  32. ↑ (2003) «The InterPro Database, 2003 brings increased coverage and new features». Nucleic Acids Research 31 (1): 315–8. DOI:10.1093/nar/gkg046. PMID 12520011.
  33. ↑ (2005) «InterPro, progress and status in 2005». Nucleic Acids Research 33 (Database issue): D201-5. DOI:10.1093/nar/gki106. PMID 15608177. публикация в открытом доступе
  34. ↑ (1996) «Updating the sequence-based classification of glycosyl hydrolases». The Biochemical Journal 316 (2): 695–6. DOI:10.1042/bj3160695. PMID 8687420.
  35. ↑ (1993) «New families in the classification of glycosyl hydrolases based on amino acid sequence similarities». The Biochemical Journal 293 (3): 781–8. DOI:10.1042/bj2930781. PMID 8352747.
  36. ↑ (1997) «Molecular basis of symbiosis between Rhizobium and legumes». Nature 387 (6631): 394–401. DOI:10.1038/387394a0. PMID 9163424. Bibcode: 1997Natur.387..394F.
  37. ↑ (2002) «PROSITE: A documented database using patterns and profiles as motif descriptors». Briefings in Bioinformatics 3 (3): 265–74. DOI:10.1093/bib/3.3.265. PMID 12230035.
  38. ↑ (2011) «Towards BioDBcore: A community-defined information specification for biological databases». Database 2011: baq027. DOI:10.1093/database/baq027. PMID 21205783.
  39. ↑ HUPO Distinguished Awards. HUPO. Архивировано из первоисточника 5 июня 2013.

Ссылки[править]

Рувики

Одним из источников, использованных при создании данной статьи, является статья из википроекта «Рувики» («ruwiki.ru») под названием «Байрох, Амос», расположенная по адресу:

—«https://ru.ruwiki.ru/wiki/Байрох,_Амос»

Материал указанной статьи полностью или частично использован в Циклопедии по лицензии CC-BY-SA 4.0 и более поздних версий.

Всем участникам Рувики предлагается прочитать материал «Почему Циклопедия?».

Источник — http://cyclowiki.org/w/index.php?title=Амос_Байрох&oldid=2268208