Герштейн, Марк

Материал из Циклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
!
В этой биографической статье не указана дата рождения.
Вы можете помочь проекту, добавив дату рождения в текст статьи либо указать, что никаким современным источникам эта дата не известна.

Марк Герштейн

Mark Gerstein
Файл:Myimage.jpg


Дата рождения
23 февраля


Гражданство
Ошибка создания миниатюры: Файл не найден
 США



Научная сфера
Биоинформатика
Место работы
Гарвардский университет • Кембриджский университет • MRC Laboratory of Molecular Biology • Стэнфордский университет • Йельский университет
Учёная степень
Доктор наук
Учёное звание
Профессор
Альма-матер
Гарвардский университет (бакалавриат) • Кембриджский университет (PhD)





Ма́рк Бе́ндер Герште́йн (Mark Bender Gerstein) — американский ученый, работающий в области биоинформатики и науки о данных. В 2009 году он назначен содиректором Йельской программы вычислительной биологии и биоинформатики.

Марк Герштейн — профессор биомедицинской информатики Альберта Л. Уильямса, профессор молекулярной биофизики и биохимии, профессор статистики и науки о данных, а также профессор информатики Йельского университета[1]. 2018 году Герштейн был назначен содиректором Йельского центра биомедицинской науки о данных (Yale Center for Biomedical Data Science).[2]

Образование[править]

Окончив Гарвардский колледж с отличием и получив степень бакалавра по физике в 1989 году, Герштейн защитил диссертацию по конформационным изменениям белков под руководством Рут Линден-Белл[3] в Кембриджском университете и Сайруса Чотиа в Лаборатории молекулярной биологии в 1993 году[4]. Затем он продолжил исследования в области биоинформатики в постдокторантуре Стэнфордского университета с 1993 по 1996 годы под руководством нобелевского лауреата Майкла Левитта.

Исследования[править]

Герштейн занимается исследованиями в области биоинформатики[5][6][7]. Это предполагает применение вычислительных подходов к решению проблем молекулярной биологии, в том числе поиск данных и машинное обучение, молекулярное моделирование и создание баз данных. Его исследовательская группа работает по нескольким направлениям, включая аннотирование генома человека[8], персональную геномику, геномику рака, создание инструментов для поддержки геномных технологий (таких как секвенирование следующего поколения), анализ молекулярных сетей и моделирование макромолекулярных движений. Среди известных баз данных и инструментов, разработанных группой, — база данных макромолекулярных движений[9][10], которая классифицирует конформационные изменения макромолекул; а также tYNA,[11] которая помогает анализировать молекулярные сети; PubNet,[12] которая анализирует сети публикаций; PeakSeq,[13] которая определяет регионы в геноме, связанные определенными транскрипционными факторами; and CNVnator,[14] которая классифицирует варианты блоков в геноме. Герштейн много писал о том, как общие вопросы науки о данных влияют на геномику — в частности, в отношении конфиденциальности[15] и структурирования научной коммуникации[16].

Работы Герштейна публиковались в рецензируемых научных журналах[17][18][19] и в ненаучных изданиях, и на популярных форумах[20]. Его работы высоко цитируются, их H превышает 100[5]. Он входит в состав ряда редакционных и консультативных советов, в том числе PLoS Computational Biology (PLoS по вычислительной биологии), Genome Research, Genome Biology, and Molecular Systems Biology. Его цитируют в газете New York Times,[21][22][23] в том числе на первой полосе,[8] и в других крупных изданиях[24].

Награды и почетные звания[править]

Помимо премии Фонда В. М. Кека для выдающихся молодых ученых[25], Герштейн получил награды от ВМС США, компании IBM, Американского общества фармацевтических исследований и производителей, а также Фонда Донахью (Donaghue Foundation).[26] Он член AAAS (American Association for the Advancement of Science)[27].Среди других наград — стипендия Гершеля-Смита, поддерживающая его докторскую работу в Эммануэль-колледже в Кембридже, и постдокторская стипендия Фонда исследования рака имени Деймона Раньона. Он участвует в работе нескольких научных консорциумов, включая ENCODE[28], modENCODE[29][30][31], 1000 Genomes Project, Brainspan[32] и DOE Kbase. В 2015 году он стал членом Международного общества вычислительной биологии (International Society for Computational Biology) [33].

Примечания[править]

  1. ↑ Шаблон:Scopus
  2. ↑ Xiong, Amy Yale establishes biomedical data science centerангл.. yaledailynews.com (February 9, 2018). Проверено 27 сентября 2020.
  3. ↑ Герштейн, Маркангл. в проекте «Математическая генеалогия»
  4. ↑ Gerstein, Mark (1993), «Protein recognition: surfaces and conformational change», University of Cambridge, <http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.282099> 
  5. ↑ 5,0 5,1 Шаблон:GoogleScholar
  6. ↑ (2010) «A map of human genome variation from population-scale sequencing». Nature 467 (7319): 1061–1073. DOI:10.1038/nature09534. PMID 20981092. Bibcode: 2010Natur.467.1061T.
  7. ↑ (2009) «RNA-Seq: A revolutionary tool for transcriptomics». Nature Reviews Genetics 10 (1): 57–63. DOI:10.1038/nrg2484. PMID 19015660.
  8. ↑ 8,0 8,1 Gina Kolata, (Sept. 5, 2012) 'Bits of Mystery DNA, Far From Junk, Play Crucial Role,' NY Times
  9. ↑ Ошибка цитирования Неверный тег <ref>; для сносок krebsphd не указан текст
  10. ↑ Ошибка цитирования Неверный тег <ref>; для сносок molmovdb не указан текст
  11. ↑ (2006) «The tYNA platform for comparative interactomics: A web tool for managing, comparing and mining multiple networks». Bioinformatics 22 (23): 2968–70. DOI:10.1093/bioinformatics/btl488. PMID 17021160.
  12. ↑ (2005) «PubNet: A flexible system for visualizing literature derived networks». Genome Biology 6 (9): R80. DOI:10.1186/gb-2005-6-9-r80. PMID 16168087.
  13. ↑ (2009) «Peak Seq enables systematic scoring of ChIP-seq experiments relative to controls». Nature Biotechnology 27 (1): 66–75. DOI:10.1038/nbt.1518. PMID 19122651.
  14. ↑ (2011) «CNVnator: An approach to discover, genotype, and characterize typical and atypical CNVs from family and population genome sequencing». Genome Research 21 (6): 974–84. DOI:10.1101/gr.114876.110. PMID 21324876.
  15. ↑ (2011) «Genomics and privacy: Implications of the new reality of closed data for the field». PLOS Computational Biology 7 (12): e1002278. DOI:10.1371/journal.pcbi.1002278. PMID 22144881. Bibcode: 2011PLSCB...7E2278G.
  16. ↑ (2007) «Structured digital abstract makes text mining easy». Nature 447 (7141): 142. DOI:10.1038/447142a. PMID 17495904. Bibcode: 2007Natur.447..142G.
  17. ↑ Шаблон:DBLP
  18. ↑ Шаблон:AcademicSearch
  19. ↑ (2002) «Functional profiling of the Saccharomyces cerevisiae genome». Nature 418 (6896): 387–391. DOI:10.1038/nature00935. PMID 12140549. Bibcode: 2002Natur.418..387G.
  20. ↑ List of Non-technical Writing by Mark Gerstein. gersteinlab.org. Архивировано из первоисточника 17 октября 2013.
  21. ↑ Kolata, Gina. Poking Holes in Genetic Privacy (16 июня 2013 года).
  22. ↑ Zimmer, Carl. Tiny, Vast Windows Into Human DNA (1 сентября 2014 года).
  23. ↑ Thoughts on Genes (10 ноября 2008 года).
  24. ↑ Scientists Unveil New Blueprint Of How The Human Genome Works. courant.com. Проверено 18 января 2016.
  25. ↑ Mervis, Jeffrey (1999-07-16). «Keck Helps Five Careers With $1 Million Grants» (English). Science 285 (5426): 312–3. DOI:10.1126/science.285.5426.312b. PMID 10438290.
  26. ↑ Donaghue Foundation selects five investigators for long-term supportангл.. medicine.yale.edu. Проверено 27 сентября 2020.
  27. ↑ Ошибка цитирования Неверный тег <ref>; для сносок aaas не указан текст
  28. ↑ (2007) «Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project». Nature 447 (7146): 799–816. DOI:10.1038/nature05874. PMID 17571346. Bibcode: 2007Natur.447..799B.
  29. ↑ (2012) «ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia». Genome Research 22 (9): 1813–1831. DOI:10.1101/gr.136184.111. PMID 22955991.
  30. ↑ (2011) «A statistical framework for modeling gene expression using chromatin features and application to modENCODE datasets». Genome Biology 12 (2): R15. DOI:10.1186/gb-2011-12-2-r15. PMID 21324173.
  31. ↑ (2010) «Integrative Analysis of the Caenorhabditis elegans Genome by the modENCODE Project». Science 330 (6012): 1775–1787. DOI:10.1126/science.1196914. PMID 21177976. Bibcode: 2010Sci...330.1775G.
  32. ↑ (2018-12-14) «Integrative functional genomic analysis of human brain development and neuropsychiatric risks». Science 362 (6420): eaat7615. DOI:10.1126/science.aat7615. ISSN 0036-8075. PMID 30545854. Bibcode: 2018Sci...362.7615L.
  33. ↑ Meet the ISCB Fellows Class of 2015. International Society for Computational Biology. Архивировано из первоисточника 20 февраля 2015.

Ссылки[править]

Рувики

Одним из источников, использованных при создании данной статьи, является статья из википроекта «Рувики» («ruwiki.ru») под названием «Герштейн, Марк», расположенная по адресу:

—https://ru.ruwiki.ru/wiki/Герштейн,_Марк

Материал указанной статьи полностью или частично использован в Циклопедии по лицензии CC-BY-SA 4.0 и более поздних версий.

Всем участникам Рувики предлагается прочитать материал «Почему Циклопедия?».

Источник — http://cyclowiki.org/w/index.php?title=Герштейн,_Марк&oldid=2048010