Герштейн, Марк

Материал из Циклопедии
(перенаправлено с «Mark Gerstein»)
Перейти к навигации Перейти к поиску
!
В этой биографической статье не указана дата рождения.
Вы можете помочь проекту, добавив дату рождения в текст статьи либо указать, что никаким современным источникам эта дата не известна.

Марк Герштейн

Mark Gerstein
Myimage.jpg


Дата рождения
23 февраля


Гражданство
США США



Научная сфера
Биоинформатика
Место работы
Гарвардский университет • Кембриджский университет • MRC Laboratory of Molecular Biology • Стэнфордский университет • Йельский университет
Учёная степень
Доктор наук
Учёное звание
Профессор
Альма-матер
Гарвардский университет (бакалавриат) • Кембриджский университет (PhD)





Ма́рк Бе́ндер Герште́йн (Mark Bender Gerstein) — американский ученый, работающий в области биоинформатики и науки о данных. В 2009 году он назначен содиректором Йельской программы вычислительной биологии и биоинформатики.

Марк Герштейн — профессор биомедицинской информатики Альберта Л. Уильямса, профессор молекулярной биофизики и биохимии, профессор статистики и науки о данных, а также профессор информатики Йельского университета[1]. 2018 году Герштейн был назначен содиректором Йельского центра биомедицинской науки о данных (Yale Center for Biomedical Data Science).[2]

Образование[править]

Окончив Гарвардский колледж с отличием и получив степень бакалавра по физике в 1989 году, Герштейн защитил диссертацию по конформационным изменениям белков под руководством Рут Линден-Белл[3] в Кембриджском университете и Сайруса Чотиа в Лаборатории молекулярной биологии в 1993 году[4]. Затем он продолжил исследования в области биоинформатики в постдокторантуре Стэнфордского университета с 1993 по 1996 годы под руководством нобелевского лауреата Майкла Левитта.

Исследования[править]

Герштейн занимается исследованиями в области биоинформатики[5][6][7]. Это предполагает применение вычислительных подходов к решению проблем молекулярной биологии, в том числе поиск данных и машинное обучение, молекулярное моделирование и создание баз данных. Его исследовательская группа работает по нескольким направлениям, включая аннотирование генома человека[8], персональную геномику, геномику рака, создание инструментов для поддержки геномных технологий (таких как секвенирование следующего поколения), анализ молекулярных сетей и моделирование макромолекулярных движений. Среди известных баз данных и инструментов, разработанных группой, — база данных макромолекулярных движений[9][10], которая классифицирует конформационные изменения макромолекул; а также tYNA,[11] которая помогает анализировать молекулярные сети; PubNet,[12] которая анализирует сети публикаций; PeakSeq,[13] которая определяет регионы в геноме, связанные определенными транскрипционными факторами; and CNVnator,[14] которая классифицирует варианты блоков в геноме. Герштейн много писал о том, как общие вопросы науки о данных влияют на геномику — в частности, в отношении конфиденциальности[15] и структурирования научной коммуникации[16].

Работы Герштейна публиковались в рецензируемых научных журналах[17][18][19] и в ненаучных изданиях, и на популярных форумах[20]. Его работы высоко цитируются, их H превышает 100[5]. Он входит в состав ряда редакционных и консультативных советов, в том числе PLoS Computational Biology (PLoS по вычислительной биологии), Genome Research, Genome Biology, and Molecular Systems Biology. Его цитируют в газете New York Times,[21][22][23] в том числе на первой полосе,[8] и в других крупных изданиях[24].

Награды и почетные звания[править]

Помимо премии Фонда В. М. Кека для выдающихся молодых ученых[25], Герштейн получил награды от ВМС США, компании IBM, Американского общества фармацевтических исследований и производителей, а также Фонда Донахью (Donaghue Foundation).[26] Он член AAAS (American Association for the Advancement of Science)[27].Среди других наград — стипендия Гершеля-Смита, поддерживающая его докторскую работу в Эммануэль-колледже в Кембридже, и постдокторская стипендия Фонда исследования рака имени Деймона Раньона. Он участвует в работе нескольких научных консорциумов, включая ENCODE[28], modENCODE[29][30][31], 1000 Genomes Project, Brainspan[32] и DOE Kbase. В 2015 году он стал членом Международного общества вычислительной биологии (International Society for Computational Biology) [33].

Примечания[править]

  1. ↑ Шаблон:Scopus
  2. ↑ Xiong, Amy Yale establishes biomedical data science center англ.. yaledailynews.com (February 9, 2018). Проверено 27 сентября 2020.
  3. ↑ Герштейн, Маркангл. в проекте «Математическая генеалогия»
  4. ↑ Gerstein, Mark (1993), «Protein recognition: surfaces and conformational change», University of Cambridge, <http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.282099> 
  5. ↑ 5,0 5,1 Шаблон:GoogleScholar
  6. ↑ (2010) «A map of human genome variation from population-scale sequencing». Nature 467 (7319): 1061–1073. DOI:10.1038/nature09534. PMID 20981092. Bibcode: 2010Natur.467.1061T.
  7. ↑ (2009) «RNA-Seq: A revolutionary tool for transcriptomics». Nature Reviews Genetics 10 (1): 57–63. DOI:10.1038/nrg2484. PMID 19015660.
  8. ↑ 8,0 8,1 Gina Kolata, (Sept. 5, 2012) 'Bits of Mystery DNA, Far From Junk, Play Crucial Role,' NY Times
  9. ↑ Ошибка цитирования Неверный тег <ref>; для сносок krebsphd не указан текст
  10. ↑ Ошибка цитирования Неверный тег <ref>; для сносок molmovdb не указан текст
  11. ↑ (2006) «The tYNA platform for comparative interactomics: A web tool for managing, comparing and mining multiple networks». Bioinformatics 22 (23): 2968–70. DOI:10.1093/bioinformatics/btl488. PMID 17021160.
  12. ↑ (2005) «PubNet: A flexible system for visualizing literature derived networks». Genome Biology 6 (9): R80. DOI:10.1186/gb-2005-6-9-r80. PMID 16168087.
  13. ↑ (2009) «Peak Seq enables systematic scoring of ChIP-seq experiments relative to controls». Nature Biotechnology 27 (1): 66–75. DOI:10.1038/nbt.1518. PMID 19122651.
  14. ↑ (2011) «CNVnator: An approach to discover, genotype, and characterize typical and atypical CNVs from family and population genome sequencing». Genome Research 21 (6): 974–84. DOI:10.1101/gr.114876.110. PMID 21324876.
  15. ↑ (2011) «Genomics and privacy: Implications of the new reality of closed data for the field». PLOS Computational Biology 7 (12): e1002278. DOI:10.1371/journal.pcbi.1002278. PMID 22144881. Bibcode: 2011PLSCB...7E2278G.
  16. ↑ (2007) «Structured digital abstract makes text mining easy». Nature 447 (7141): 142. DOI:10.1038/447142a. PMID 17495904. Bibcode: 2007Natur.447..142G.
  17. ↑ Шаблон:DBLP
  18. ↑ Шаблон:AcademicSearch
  19. ↑ (2002) «Functional profiling of the Saccharomyces cerevisiae genome». Nature 418 (6896): 387–391. DOI:10.1038/nature00935. PMID 12140549. Bibcode: 2002Natur.418..387G.
  20. ↑ List of Non-technical Writing by Mark Gerstein. gersteinlab.org. Архивировано из первоисточника 17 октября 2013.
  21. ↑ Kolata, Gina. Poking Holes in Genetic Privacy (16 июня 2013 года).
  22. ↑ Zimmer, Carl. Tiny, Vast Windows Into Human DNA (1 сентября 2014 года).
  23. ↑ Thoughts on Genes (10 ноября 2008 года).
  24. ↑ Scientists Unveil New Blueprint Of How The Human Genome Works. courant.com. Проверено 18 января 2016.
  25. ↑ Mervis, Jeffrey (1999-07-16). «Keck Helps Five Careers With $1 Million Grants» (English). Science 285 (5426): 312–3. DOI:10.1126/science.285.5426.312b. PMID 10438290.
  26. ↑ Donaghue Foundation selects five investigators for long-term support англ.. medicine.yale.edu. Проверено 27 сентября 2020.
  27. ↑ Ошибка цитирования Неверный тег <ref>; для сносок aaas не указан текст
  28. ↑ (2007) «Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project». Nature 447 (7146): 799–816. DOI:10.1038/nature05874. PMID 17571346. Bibcode: 2007Natur.447..799B.
  29. ↑ (2012) «ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia». Genome Research 22 (9): 1813–1831. DOI:10.1101/gr.136184.111. PMID 22955991.
  30. ↑ (2011) «A statistical framework for modeling gene expression using chromatin features and application to modENCODE datasets». Genome Biology 12 (2): R15. DOI:10.1186/gb-2011-12-2-r15. PMID 21324173.
  31. ↑ (2010) «Integrative Analysis of the Caenorhabditis elegans Genome by the modENCODE Project». Science 330 (6012): 1775–1787. DOI:10.1126/science.1196914. PMID 21177976. Bibcode: 2010Sci...330.1775G.
  32. ↑ (2018-12-14) «Integrative functional genomic analysis of human brain development and neuropsychiatric risks». Science 362 (6420): eaat7615. DOI:10.1126/science.aat7615. ISSN 0036-8075. PMID 30545854. Bibcode: 2018Sci...362.7615L.
  33. ↑ Meet the ISCB Fellows Class of 2015. International Society for Computational Biology. Архивировано из первоисточника 20 февраля 2015.

Ссылки[править]

Рувики

Одним из источников, использованных при создании данной статьи, является статья из википроекта «Рувики» («ruwiki.ru») под названием «Герштейн, Марк», расположенная по адресу:

—«https://ru.ruwiki.ru/wiki/Герштейн,_Марк»

Материал указанной статьи полностью или частично использован в Циклопедии по лицензии CC-BY-SA 4.0 и более поздних версий.

Всем участникам Рувики предлагается прочитать материал «Почему Циклопедия?».

Источник — http://cyclowiki.org/w/index.php?title=Герштейн,_Марк&oldid=2048010