Возле Самкерца добывали нефть. У Константина Багрянородного (905−959) в книге в списке нефтяных источников Таматарха стоит первой: «Должно знать, что вне крепости Таматарха имеются многочисленные источники, дающие нефть»[1] — нефть использовалась в Византии для изготовления греческого огня, и в окрестностях Керчи и на Тамани многочисленны находки остатков византийских амфор со смолистыми остатками на дне и стенках; люминесцентный анализ показал, что эти амфоры 11 и 12 вв. использовались для перевозки нефти, по своему составу идентичной керченской и таманской.
Судя по археологическим данным, Таматарха 7−10 вв. была населённым торговым городом[2]. По-видимому, из Самкерца шли торговля Каганата с Византийской империей, так как Хасдай ибн Шапрут говорит, что хазары прибывали для торговли в Константинополь не только сушей, но и морем:
Корабли проходят к нам из их страны (Хазарии) и привозят рыбу и кожу и всякого рода товары[3].
Упомянутые «корабли», очевидно, хазарские, так как они приходит из Хазарии.
Ибн-ал-Факих говорит о посещении города славянскими купцами[4].
Помимо торговли, жители Тумантархани занимались виноделием[5].
В городе находился военный гарнизон, один из начальников которого был некий Хашмонай[6].
Город под названием Гермонасса (Ερμώνασσα) основали греки в 6 в. до н. э. В 4 в. до н. э. город вошёл в состав Боспорского царства[7][8].
В 6 в., при Юстиниане I, Боспор стал частью Византийской империи.
В том же 6 в. город был завоёван Тюркским каганатом. Тюрки назвали город «Тумантархан», от тюркского титула «тархан» и слова «тумен», обозначавшего подразделение в 10 тысяч человек.
Для отражения набегов, была построена крепость.
После распада Тюркского каганата, в 660-е годы Таматарха стала хазарским городом[5].
Хазары назвали город Самкерцем и Самкушем.
После принятия иудаизма хазарами в качестве государственной религии, население города либо иудаизируется, либо его массово заселяют евреи из Византии. Так или иначе, Ибн ал-Факих в 40-50-е годы 9 в. называет город «Самкуш ал-йахуд» («Самкуш еврейский»)[9].
Также в «Книге стран» Ибн ал-Факиха указывается, что на рубеже 9−10 вв. в Самкерце существовал хазарский таможенный пункт[10].
Около 939 года русский правитель H-l-g-w (Хелгу, вероятно Олег), подкупленный Византией, внезапным набегом захватил хазарскую крепость Самкерц, воспользовавшись тем, что в городе не было «начальника, раб-Хашмоная», то есть не было хазарских войск, которые могли быть в походе[6].
Однако, хазарский полководец Песах разбил русов и принудил их вернуть захваченные в городе трофеи[6].
После разгрома Хазарского каганата в 965 году (или в 968—969) киевским князем Святославом Игоревичем город перешёл под власть Киевской Руси. Тмутаракань (как назвали русы город) стала столицей Тмутараканского княжества.
В результате похода князя Владимира в Таврику в 988−989 годах бывшая хазарская крепость окончательно попала под протекторат Киевской Руси[5].
В 1079 году правивший в Тмутаракани Олег Святославич Черниговский был схвачен местными жителями — хазарами, и по соглашению с императором Никифором III Вотаниатом, с которым киевский князь Всеволод Ярославич был в союзе, сослан на Родос. После этого Тмутараканью три года управлял посадник Всеволода Ратибор. Володарь, сын отравленного византийским катепаном Херсонеса Ростислава, и Давид Игоревич изгнали посадника Ратибора (1082 год). В 1083 году при поддержке Византии Олег Святославович захватил Тмутаракань.
Олег Святославович истребил остатки иудео-хазар в Тмутаракани.
В городе стали упоминаются зихи (черкесы).
Караимский писатель Йегуда Гадасси был родом из Матархи (или по крайней мере жил там долгое время), о чём известно из приписки в книге «Дварим», датированной 1157 года. В этой приписке среди членов матархской общины בקהל הקודש מטרכא упоминается Йегуда Гадасси, сын Эльягу יהודה בן אליה ההדסי . Именно эти переселенцы и принесли в Крым «матархическую» эру, а вместе с ней и многое другое, становясь во главе крымских общин и целых областей.
Под 1419 год упомянут династический брак знатного генуэзца Винченцо де Гизольфи и дочери адыгского князя Берозоха — Биха-ханум. Правителем города стал сын от этого брака Захария де Гизольфи. Однако в 1475 году турки захватили Матрегу и присоединили к своим владениям.